home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Info-Mac 3 / Info_Mac_1994-01.iso / Science / Ball & Stick 3.5.1 Demo / A Quick Guide to B&S 3.5 next >
Text File  |  1993-06-24  |  5KB  |  154 lines
  1. Quick Guide to
  2. Ball & Stick 3.5 Demo
  3.  
  4. System Requirements
  5. Ball & Stick  will run on Macintosh Plus and later models. All features
  6. are fully functional in the demo version with the following limitations:
  7. 40 atoms per file and printed pages are superimposed with a banner.
  8. Ball & Stick  requires system 6.0.7 or later. To view the demo movies
  9. which come on separate disks QuickTime™ version 1.5 or later and
  10. MoviePlayer 1.1 or later are required.
  11.  
  12. Ball & Stick 3.5 is System 7 friendly.
  13.  
  14. Installation Procedure
  15. Ball & Stick is easy to install:
  16. 1. Lock the original disk (if it is not locked already).
  17. 2. Copy all of the files to a folder on your hard disk.
  18. 3. Move the files B&S.settings and B&S.lib into the Preferences folder 
  19. (System 7) or system folder (System 6). The settings file is used to
  20. load the default program settings and atom definitions at startup time.
  21.  
  22. Startup
  23. Double-click on the Ball & Stick application icon. You will be prompted to open
  24. a coordinate file. Choose one of the files from the data examples folder. After
  25. you have started the application, you may open files from the file menu. You
  26. may have two files open at one time.
  27.  
  28. To introduce you to Ball & Stick here are a few operations for you to try.
  29.  
  30. Rotating the molecule
  31. Select the Transform menu and Rotate(mouse).
  32. Hold down the mouse inside the circle and drag to rotate.
  33. Select Rotate around axis and choose an axis. This rotation may be repeated by
  34. pressing the <enter> key.
  35.  
  36. Selecting atoms
  37. You may highlight an individual atom by clicking on it with the mouse. To
  38. select more than one, hold down <shift> key while clicking on   the atom.
  39. Double-click on a selected atom to display the control window.
  40. This gives quick access to the following commands:
  41.    rotation
  42.    xy-translation
  43.    xz-translation
  44.    distance change (2 or more atoms selected)
  45.    angle change(3 or more atoms selected)
  46.    torsion change  (4 or more atoms selected)
  47. +  zoom-in
  48. -  zoom-out
  49.  
  50.  
  51. Display Model
  52. Change the type of display to whatever you prefer from the Model menu. The
  53. overlay skeleton, labelling and depth-shading may be toggled on and off.
  54.  
  55.  
  56. Customizing
  57. Use View menu to customize the background in Change Background. Change to black
  58. by dragging the cursor down the vertical bar. Obtain a full-screen image with
  59. Full Screen option.
  60. The menu bar appears when you click the mouse in the menu region.
  61. Try customizing the size, color and depth of shading of each of your atoms from
  62. the View menu.
  63.  
  64. Real-time operations
  65. Obtain a stereo image with the Stereo View option. Set up a series of rotations
  66. with the File menu Rotation Animation option. Select the number of rotations
  67. required and set to Screen Only. Select degree of rotation and watch you stereo
  68. image rotate.
  69.  
  70. Clipping
  71. Return to a single image (by selecting Stereo View again) and rotate the
  72. molecule with the mouse (Transform menu) until it appears end on (looking into
  73. the screen). Select View menu Front & Back Clipping to obtain a set of images
  74. from three angles. Drag the grey areas until you have isolated a small section
  75. of the molecule and select. You will now have a clipped region which you can
  76. easily manipulate. This is useful for dealing with large molecules. To perform
  77. several manipulations without updating the image each time you can first select
  78. Freeze Display.
  79.  
  80. Automatic Format Recognition
  81. Ball & Stick is able to analyze data files and extract the catesian, internal or
  82. unit cell coordinates from many popular formats. Only if automatic recognition
  83. fails, which may be due to a confusing title line in some formats you can use the
  84. Import command described below.
  85.  
  86. Import files
  87. To see what types of file format you can import go to File, Import and view the
  88. options. Among these you will find the Cambridge Structural Database and
  89. Protein Structure Databank (Brookhaven) formats.
  90.  
  91. Export files
  92. To see what types of file format you can export go to File, Export and view the
  93. formats supported.
  94.  
  95. Building of new structures
  96. Select File, New. If you have correctly installed the example B&S.lib file provided
  97. the item Load Fragment in the Build menu is active now. Select Build, Load Fragment,
  98. ethyl- and an ethyl fragment will be loaded. Now choose Build, Merge Fragment, phenyl-.
  99. Click Ok in the next dialog and ethylbenzene will appear on your screen.
  100. You can center it on the screen by selecting Transform, Center.
  101.  
  102. The full version of Ball & Stick includes a library of basic organic fragments,
  103. a library of amino acids and a structure collection of 200+ important organic
  104. and pharmaceutical chemicals.
  105.  
  106.  
  107. If you want to know more about Ball & Stick please contact:
  108.  
  109. Cherwell Scientific Publishing
  110. 15 Auburn Place
  111. Brookline MA 02146
  112. USA
  113. Tel: (617) 277 4200
  114. Fax: (617) 739 4836
  115.  
  116. or
  117.  
  118. Cherwell Scientific Publishing
  119. The Magdalen Centre
  120.  Oxford Science Park
  121. Oxford OX4 4GA
  122. UK
  123. Phone    +44 (865) 784 800
  124. Fax      +44 (865) 784 801
  125.  
  126. or
  127.  
  128. Cherwell Scientific Publishing
  129. c/o CHEM Research GmbH
  130. Beethovenstraße 7b 
  131. D-60325 Frankfurt 1
  132. Germany
  133. Tel: +49 (069) 4711114
  134. Fax: +49 (069) 740496
  135.  
  136.  
  137. The package includes an fpu savvy version and a slower universal Mac
  138. (MacPlus and newer) version. The license is given for use on a single
  139. computer at a time.
  140.  
  141.  
  142.  
  143. Pricing (US$ approximate, as of June 1993):
  144.  
  145. US$ 299.- 
  146. 15 % academic/educational discount
  147.  
  148.  5 Pack: US$ 750.-
  149. 10 Pack: US$1150.-
  150.  
  151. Upgrades: US$ 75.-
  152.  
  153.  
  154.